Berdirinya MI Takhasus Darul Ulum diawali dengan adanya kegelisahan Tim Pengembang Madrasah pada tahun 2016, terdiri Nurul Qomariyah (Kepala MI Darul Ulum), M. Arief Hidayatulloh, M.Ag (Kepala MA Darul Ulum), Ahmad Mustafidin M.S.I, (Litbang YPI Darul Ulum), Achmad Nur Mustofa, S.Ag, Suriyah, S.Ag., M.Pd.I, dan Muh Hasan Faizin, S.Sos.I., (Guru MI Darul Ulum) Keenam anggota tim tersebut melakukan persiapan berkenaan dibukanya kelas Unggulan, beberapa diantaranya yaitu sering mengadakan pertemuan untuk merumuskan Kurikulum yang akan diterapkan pada Kelas Unggulan.
Kegundahan tersebut berawal dengan kondisi MI Darul Ulum dianggap sudah besar (dilihat dari sisi kuantitas), namun masih ada beberapa kelemahan dari sisi kualitas. Meskipun oleh beberapa pihak sudah dianggap sudah bagus. Keterbatasan waktu belajar di madrasah (normative), materi pelajaran yang kurang spesifik, pengembangan minat bakat siswa dan pengayaan dalam penanaman pembisaaan yang baik, adalah diantara faktor yang mempengaruhi prestasi siswa. Faktor kompetensi tenaga pendidik yang dimiliki juga ikut menjadi faktor yang mempengaruhi keberhasilan ini.
Setelah melalui beberapa tahap koordinasi dan konsolidasi, maka dalam kurun waktu satu tahun, Yayasan Pendidikan Islam Darul Ulum memberikan restu untuk dibukanya kelas Unggulan.
Pada tahun pelajaran 2016/2017, Tim Pengembang melaksanakan sosialisasi kepada calon wali murid siswa baru MI Darul Ulum, terkait Program, kurikulum, sarana-prasarana serta biaya yang akan diterapkan di kelas Unggulan. Respon wali murid cukup menggembirakan, yaitu kuota pertama terpenuhi sesuai target berjumlah 20 siswa-siswi.
Lambat namun pasti perkembangan kelas Unggulan mendapat apresiasi dari Pengawas Madrasasah maupun dari Kementerian Agama Kota Semarang, hal ini terbukti dengan dikunjunginya MI Unggulan Darul Ulum oleh Kepala Kantor Kementerian Agama Kota Semarang (Bp Drs. Muhdi, M,M ) ke kelas Unggulan MI Darul Ulum.
Berkat adanya sinergi antara Madrasah, Orang tua, Komite serta Peran serta masyarakat, pada tahun 2019 Kelas Unggulan mendapat wakaf tanah dari dr. Dachlan (eyang dari siswi Kelas Unggulan) sebesar kurang lebih 6.000 m2. Dan di lahan inilah mulai dibangun gedung baru Kelas Unggulan (MI Unggulan Darul Ulum).
Pada tahun 2022, Tim Pengembang mengajukan Ijin Operasional kepada Kementerian Agama, dan tepat pada bulan Mei Tahun 2022 Ijin Operasional dikeluarkan oleh kementerian Agama dengan diberi nama MI Takhasus Darul Ulum dan dikepalai oleh Nurul Qomariyah, M.S.I. (2022-2025)
Dengan Berdirinya (terpisah dari MI Darul Ulum) Madrasah Unggulan MI Takhasus Darul Ulum, banyak harapan besar yang disematkan dari Madrasah ini, diantaranya (setidaknya) adalah agar Madrasah Unggulan (MI Takhasus Darul Ulum) menjadi barometer utama pendidikan tingkat dasar di Jawa Tengah, bukan hanya di tingkat Kota Semarang.
Kemudian pada Tahun Ajaran 2025 – Sekarang MI Takhasus Darul Ulum di Pimpin oleh Muh Hasan Faizin, S.Sos.I., M.Pd.